Presidente(a): Designado(a) por el/la Ministro(a) de Relaciones Exteriores; a su vez ostenta el cargo de Director(a) del MINREX, y rango de Embajador(a).
Secretario(a) General: Designado(a) por el/la Ministro(a) de Relaciones Exteriores, a propuesta del Presidente(a) de la Comisión Nacional, quien a su vez tiene el cargo de Subdirector(a) del MINREX.
Buró de Dirección: Está presidido por el/la Presidente(a) e integrado por el/la Secretario(a) General de la CNCU, el/la Secretario(a) General del PCC, el/la Secretario(a) General del SINDICATO y el/la Especialista en trámites diplomáticos, migratorios, especiales y atención a delegaciones extranjeras.
Secretaría: Es el órgano auxiliar de la CNCU, y está integrada por seis especialistas que atienden cada uno de los cinco grandes Programas de la UNESCO y los órganos principales. Se estructura de la manera siguiente:
- Especialista que atiende el sector de Educación
- Especialista que atiende el sector de Ciencias Naturales y Exactas
- Especialista que atiende el sector de Ciencias Sociales y Humanas
- Especialista que atiende el sector de Cultura
- Especialista que atiende el sector de Comunicación e Información
- Especialista que atiende los Órganos Principales